小学4年生の木之本桜は、父・藤隆の書斎で不思議な本を見つける。 本の中には美麗なカードが収まっており、そこから羽の生えたぬいぐるみのようなカードの精霊・ケルベロスが現れ、そのカードが大魔道師クロウ・リードの遺産である強力な魔法を宿したカード『クロウカード』であることを明かす。 「クロウカードの封印が解かれるとき、この世に災いが訪れる」 些細な不手際からカードの封印は解けて散らばってしまった。カードが災いをもたらす前に再封印を施すべく、ケルベロスは桜から魔法の才能を感じ取り、彼女にカードを封印する力を託す。 かくしてさくらは、ケルベロスはともにカードの完全収拾を目指していく。 その先に、大きな運命の転機と試練が待ち構えていることを、このときは知る由もなく……
クロウカード回収及びその後の最後の審判から数か月、クロウカードの新たな保持者及びケルベロス及び月の主になったさくらは普通の生活を満喫している中、さくらたちのクラスにイギリスの少年・柊沢エリオルという男の子が転校してきて、さくらたちは仲良くなるが、その夜に突然大雨が降ってきて、さくらたちは現場を探ろうとするが、鍵は杖に変わろうとしない上にクロウカードが全く通用しない。 ピンチに陥ったさくらたちだが、彼女の中の不思議な星の魔力が目覚めて、さくらはその魔力で見事に雨を止ませる。同時にクロウカードがさくらの星の魔法で作ったさくらカードに変わり、ケルベロスは雨の原因が亡くなったはずのクロウ・リードの仕業だと突き止める。 クロウの起こした現象を突き止めるため、さくらはカードキャプターとして、再び活動する。
クロウ・リードの起こした現象から3年、中学生になったさくらは香港での手続きを終えた李小狼と再会する。 その日の夜、ある夢を見たさくらは、さくらカードを調べると…。