小学4年生の木之本桜は、父・藤隆の書斎で不思議な本を見つける。
本の中にはカードが収まっており、そこから羽の生えたぬいぐるみのようなカードの精霊・ケルベロスが現れ、そのカードが大魔道師クロウ・リードの遺産である強力な魔法を宿したカード『クロウカード』であることを明かす。
「クロウカードの封印が解かれるとき、この世に災いが訪れる」
些細な不手際からカードの封印は解けて散らばってしまった。
ケルベロスは桜から魔法の才能を感じ取り、カードが災いをもたらす前に再封印を施すべく、彼女にカードを封印する力を託す。
かくしてさくらは、ケルベロスはともにカードの完全収拾を目指していく。
その先に、大きな運命の転機と試練が待ち構えていることを、このときは知る由もなく……
クロウカードの回収完了及びその後の最後の審判から数か月、クロウカードの新たな保持者及びケルベロス、ユエの主になったさくらは普通の生活を満喫している中、さくらたちのクラスにイギリスの少年・柊沢エリオルという男の子が転校してくる。
さくらたちは仲良くなるが、その夜に突然大雨が降ってきて、さくらたちは現場を探ろうとするも、鍵は杖に変わろうとしない上にクロウカードが全く通用しない。
ピンチに陥ったさくらたちだが、彼女の中の不思議な星の魔力が目覚めて、さくらはその魔力で見事に雨を止ませる。
同時にクロウカードがさくらの星の魔法で作ったさくらカードに変わり、また、ケルベロスは亡くなったはずのクロウ・リードの気配を察知する。
現象の正体を突き止めるため、さくらはカードキャプターとして、再び活動する。
友枝中学校に進学したさくらは、初登校の途中、友枝町に戻ってきた小狼に再会し、小狼が同じ中学校に編入することを知る。
小学校時代の同級生とも合流し、中学校生活に期待しつつ眠った夜、透明なカードがバラバラに砕け、フードをかぶった謎の人物と対峙する、という奇妙な夢を見てしまう。
さくらは目を覚ますと、夢の中に出てきた新たな封印の鍵を握りしめていることに気が付く。
そして、さくらカードは透明なカードに変化し効果を失っていた。
さくらがクロウカードの関係者に相談して回る中、小狼だけはイギリスにいるエリオルと連絡を取り合い、何かを決意するのだった。
再び魔法のような不思議な現象に遭遇するが、さくらは新たな「杖」を使い、現象をクリアカードという形に「固着」することに成功する。それも何者かに仕組まれていたかのように。